Vroege fungiciden waren anorganische verbindingen, waaronder zwavelpoeder en koperpreparaten (zie Bordeaux-mengsel) die nog steeds worden gebruikt. In 1914 gebruikte I. Reem uit Duitsland voor het eerst organische kwikverbindingen om tarwevuil te bestrijden, wat het begin markeerde van de ontwikkeling van organische fungiciden.
In 1934 ontdekten WH Tisdale en anderen in de Verenigde Staten de bacteriedodende eigenschappen van dimethyldithiocarbamaat. Sindsdien hebben organische fungiciden zich snel ontwikkeld. Er zijn drie hoofdreeksen organische zwavelfungiciden ontwikkeld in de jaren 40 en 50: thirams, dysons (zoals zinkdysons) en trichloormethylthiodimethylcarboximides. Daarnaast zijn er ook organisch chloor, organisch kwik en organische arseen-fungiciden ontwikkeld. De meeste van deze fungiciden zijn beschermende middelen en hebben beperkingen in toepassing.
Sinds de jaren zestig zijn er meer chemische soorten fungiciden op de markt gekomen, en de belangrijkste vooruitgang is de komst van systemische fungiciden.
In 1965 ontwikkelde Japan het organofosforfungicide Daobenjing. In 1966 ontwikkelden de Verenigde Staten blauweregen. In 1967 ontwikkelden de Verenigde Staten benomyl. In 1969 ontwikkelde Japan thiofanaat. Tricyclazool werd ontwikkeld in de Verenigde Staten in 1977, metalaxyl werd ontwikkeld in Zwitserland en aluminiumtriethylfosfaat werd ontwikkeld in Frankrijk in 1978. De systemische middelen die hierboven worden weergegeven, zijn sinds de jaren zeventig de hoofdstroom van de ontwikkeling van fungiciden geworden. Tegelijkertijd hebben landbouwantibiotica zich snel ontwikkeld. Organisch kwik, organisch arseen en sommige organische chloorfungiciden worden geleidelijk uitgefaseerd vanwege toxiciteit of milieuverontreiniging. De nieuwe generatie systemische middelen heeft de markt voor fungiciden verder uitgebreid vanwege hun verbeterde bestrijdingseffecten. In de jaren tachtig waren er meer dan 200 soorten fungiciden. Volgens het onderzoek bedroeg de verkoop van fungiciden in de wereld in 1985 2,54 miljard dollar, goed voor 18,4 procent van de totale verkoop van pesticiden.
In 1984 was de verkoop van systemische middelen in fungiciden goed voor 44,2 procent en niet-systemische middelen voor 55,8 procent. Al bijna een halve eeuw is de ontwikkeling van fungiciden vooral gericht op de middelen voor de preventie en behandeling van schimmelziekten, terwijl het onderzoek naar en de ontwikkeling van middelen voor de preventie en behandeling van ziekten veroorzaakt door bacteriën en virussen nog onvoldoende is. Sinds de jaren vijftig heeft China voornamelijk beschermende fungiciden ontwikkeld. Sinds de jaren zeventig is het begonnen met de ontwikkeling van systemische fungiciden en landbouwantibiotica en is het gestopt met het gebruik van organische kwikmiddelen. Omdat de toepassingstechnologie van fungiciden relatief gecompliceerd is, is de ontwikkelingssnelheid niet zo hoog als die van insecticiden. Het beschermende effect van fungiciden op de landbouwproductie wordt echter steeds meer erkend door landbouwers. Met de modernisering van de Chinese landbouw zal de ontwikkeling van fungiciden onvermijdelijk versnellen.