Fungiciden worden geclassificeerd op basis van de manier waarop ze worden gebruikt

1. Beschermend middel
Voordat de pathogene micro-organismen in contact komen met de plant of de plant onderdompelen, wordt de plant of de omringende omgeving behandeld met een geneesmiddel om het ontkiemen van de pathogene sporen te remmen of de gekiemde pathogene sporen te doden om de plant tegen zijn schade te beschermen. Dit effect wordt beschermingseffect genoemd. Middelen met dit effect zijn beschermende middelen. Zoals Bordeaux-mengsel, zinkzink, kopersulfaat, groen melkkoper, mancozeb, chloorthalonil enzovoort.
2. Therapeutische middelen
De ziekteverwekkende micro-organismen van het therapeutische middel zijn de plant binnengedrongen, maar de plant vertoont symptomen en bevindt zich in de incubatieperiode. Het medicijn dringt vanuit de epidermis van de plant door in het plantenweefsel en doodt of remt de ziekteverwekker door transductie, diffusie of productie van metabolieten, zodat de zieke plant niet langer zal lijden en de gezondheid zal herstellen. Middelen die dit therapeutische effect hebben, worden therapeutische of chemotherapeutische middelen genoemd. Zoals thiofanaat-methyl, carbendazim, kasugamycine enzovoort.
3. Uitroeiingsmiddel
Eradicants verwijzen naar ziekteverwekkers die ziekteverwekkers die planten zijn binnengedrongen direct kunnen doden wanneer ze worden aangebracht nadat de planten zijn geïnfecteerd. Middelen met een dergelijke uitroeiende werking zijn uitroeiende middelen. Zoals thiram, natriumpentachlorophenate, kalkzwavel etc.